Naturalną barierą dla rozprzestrzeniania się chorób i szkodników jest duża różnorodność upraw w ogródkach przydomowych i działkowych, a także własna odporność roślin dobrze pielęgnowanych i dobrze odżywianych. Ma to tym większe znaczenie, że stosowanie preparatów chemicznych na działce jest utrudnione przez niewielkie skupienia roślin, a dostępne w handlu opakowania są za duże na potrzeby amatorów. Stosowanie chemicznych środków ochrony roślin jest natomiast uzasadnione w wypadku masowego pojawienia się jakiejś choroby albo szkodnika. Wszelkie zabiegi powinno się wówczas przeprowadzać na możliwie dużym obszarze, np. na wszystkich ogródkach działkowych czy też w kilku sąsiadujących ogrodach przydomowych.

W ogrodzie ozdobnym młode rośliny ulegają zgorzelom (tzw. choroba czarnej nóżki). Często zgorzele występują również na siewkach w gruncie, w inspektach oraz w skrzynkach z rozsadą w mieszkaniu. Można im zapobiec dostatecznie przewietrzając pomieszczenia, gdzie rosną rośliny. Skuteczną ochronę daje też zaprawianie nasion na sucho Zaprawą nasienną T lub Zaprawą Funaben T. W tym celu nasiona wrzuca się do puszki z dawką zaprawy, zamyka puszkę i przez potrząsanie miesza tak, aby dokładnie pokryły się proszkiem. Podłoże do produkcji rozsady powinno być wolne od chorób, może to być torf lub piasek, a jeśli jest potrzebna ziemia kompostowa – trzeba ją poddać parowaniu. W warunkach domowych można ją zalać wrzącą wodą w garnku, utrzymując wysoką temperaturę przez ok. 15 min (nie gotować) lub wyprażyć w piekarniku.

Rośliny ozdobne często porażone są przez mączniaki. Rozwojowi choroby sprzyja nieodpowiednia uprawa, uboga gleba, brak wody i zbyt duże zagęszczenie roślin. Mączniak rzekomy objawia się w postaci puszystego nalotu na dolnej stronie liścia, w odróżnieniu od mączniaka prawdziwego, który w postaci grubego szarego nalotu jest widoczny najpierw na końcach pędów, a potem na obydwu stronach liści. Zalecane jest usuwanie i palenie porażonych części roślin, w żadnym wypadku nie można wyrzucać ich na kompost. Nie należy także porażonych egzemplarzy używać do rozmnażania. Trzeba jednak podkreślić, że większość gatunków roślin ozdobnych jest odporna na choroby i szkodniki, dzięki czemu regularna ochrona, tak jak to musi mieć miejsce w przypadku roślin warzywnych, nie jest konieczna.