Pryzmy fermentacyjne należy (niezależnie od pory roku) chronić przed wysychaniem czy przemarzaniem, okrywając je z każdej strony matami słomianymi lub folią. Folię układa się około 20 cm nad podstawą pryzmy, aby utrzymać prawidłowe napowietrzanie nawozu. Trzeba też zwracać uwagę na wycieki spod pryzmy, wskazujące na prawidłowe lub nieprawidłowe nawilżenie nawozu. Wycieki powinny mieć szerokość około 30 cm. Jeśli nawóz w pryzmie nie zagrzewa się do pożądanej temp. 75°C, należy sprawdzić jego wilgotność, gdyż powodem może być zarówno za duże, jak i zbyt słabe nawilżenie pryzmy. Fermentację można poprawić dodając rozpuszczoną w wodzie melasę (4…5 kg na 1000 kg nawozu) lub cukier (3…4 kg na 1000 kg nawozu). Gdy pryzma zamarznie, można spróbować rozgrzać ją za pomocą pary wodnej lub przemieszać cieplejsze warstwy nawozu z zimnymi.
W wypadku nieuzyskania potrzebnej temperatury, trzeba liczyć się z obniżeniem plonów.

Przed umieszczeniem nawozu na półkach bada się laboratoryjnie jego kwasowość (pH) i wilgotność. Optymalna wartość pH 8…8,2, optymalna wilgotność 71 …73%. Usługi laboratoryjne dla producentów z całej Polski wykonują laboratoria pieczarkarskie rozmieszczone na terenie poszczególnych województw, a także Akademie Rolnicze. Następnym etapem po fermentacji jest proces pasteryzacji (trwający 5…12 dni, zależnie od metody), doprowadzający nawóz do takiej postaci, która stwarza optymalne warunki do rozwoju grzybni pieczarek, a zapobiega rozwojowi grzybów konkurencyjnych. Poszczególne fazy pasteryzacji przebiegają w następujących temperaturach: I faza – 58…60°C (ok. 12 h), II faza – 58…48°C (aż do zaniku amoniaku). Przy pasteryzacji należy zwrócić uwagę na:
–    równomierne rozłożenie nawozu na półkach na grubość 25…35 cm (nawóz wtedy dobrze nagrzewa się i nie przesycha);
–    prawidłowe umieszczenie termometrów w kompoście (co najmniej na dwóch różnych poziomach półek) i jednego w powietrzu w środku hali.
Po zakończeniu procesu pasteryzacji należy zbadać laboratoryjnie nawóz na obecność chorób i szkodników oraz jego kwasowość (prawidłowa kwasowość pH = 7,5), wilgotność (66…68%) i zawartość amoniaku (0,05%). Nawóz należy dostarczać do badań w szczelnie zamkniętych torebkach foliowych (po ok. 0,5 kg).